Science:从基因表达本质解析为何“**有别”

2021-10-12 18:57:16 来源:
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较早的数据系统性显示,许多适合于的生命体环境因素,除此以外哮喘,都表现成官能倾向差别的基本特征。这些官能倾向差别被并不间有同程度地举例来说皮质醇、官能染色体、基因序列型×官能倾向振荡、举动差别和环境污染暴露的差别。然而,至今为止,它们的组态和大体上生物学原理在不大程度上仅仅是未知的。

基因序列型-第三组织起来表述(GTEx)建设项目包括了一个机会,让我们可以通过数据系统性许多以前早已以这种方式密切无关的第三组织起来,来探索生命体核苷酸第三组里官能倾向差别的普遍官能和官能状组态。

值得注意,数据系统性医护人员在Science新闻周刊发文。为了密切无关生命体核苷酸第三组及其抑制的官能倾向差别,并断定官能倾向和官能状学如何间有互冲击适合于的官能状和哮喘,数据系统性医护人员在GTEx建设项目(v8数据发布新闻)事件调查的44个生命体第三组织起来相关联里生成了一般说来及其官能状抑制的官能倾向差别目录,并系统性了16245个RNA测序抽取和838个成年形态的基因序列型。

在此基础上,数据系统性医护人员统计数据了一般说来准确度、第三组织起来细胞核类型第三组成和顺式表述一原理官能状位点(cis-eQTLs)的官能倾向差别。为了评估它们的冲击,数据系统性医护人员将这些结果与87个GWAS的基因序列功能、核苷酸位点结合批注和同类型基因序列第三组关连性数据系统性(GWAS)汇总统计间有结合。

结果显示,官能倾向对一般说来的冲击是无处不在的 (在所有第三组织起来里,数据系统性医护人员比对了13 294个有官能倾向差别的基因序列)。然而,这些冲击很小,而且主要是第三组织起来选择官能的。

具有官能倾向差别表述的基因序列主要不是由第三组织起来选择官能一般说来涡轮的,而是参与了一系列独有的生物功能,如口服和激素反应、哺乳类和第三组织起来形态频发、受精、官能卵巢和精子频发、脂肪代谢、乳癌和免疫细胞等。

而X通往基因序列在男士里表述很低,上会了逃过X染色体失活的候选基因序列,经常染色体基因序列的官能倾向偏向官能表述上会了与激素无关的核苷酸位点抑制和额外核苷酸位点的关键作用,以及一般说来官能状学标记的官能倾向差别官能常见于,尤其是第三组蛋白H3 Lys27三底物(H3K27me3)。

一般说来的官能状抑制的官能倾向差别要少得多(在所有第三组织起来里比对成了369个官能倾向偏向的eQTL),并且具有移动性的第三组织起来选择官能。数据系统性医护人员断定了58个由单一官能倾向的一般说来官能状抑制涡轮的基因序列-官能状关连性。这些除此以外官能倾向差别的细胞核类型丰度抑制基因序列型-环境因素关连性的位点,以及官能倾向也许在关连性的潜在分子组态里发挥关键作用来得必要关键作用的位点。例如,数据系统性医护人员在脾脏里断定了一个男士选择官能的六激酶HKDC1的eQTL,它冲击怀孕男士的葡萄糖代谢,随后说明了在氏族的成生腰围上。

因此,通过将GTEx数据的官能倾向意识系统性与基因序列功能和核苷酸位点结合批注间有联合,数据系统性医护人员刻画了导致生命体核苷酸第三组和eQTLs官能倾向差别的第三组织起来选择官能和第三组织起来分享的涡轮因素和组态。

数据系统性医护人员断定了多个官能倾向差别的一般说来振荡,这些振荡与适合于的官能状官能状关连性乘积,从而促进了GWAS频谱的机理表述。

由于许多环境因素的免疫第三组织起来是未知的,因此对独有的GTEx第三组织起来收集的系统性可以作为事件调查官能倾向偏倚官能状基础的弱小资源。这项工作对生命体核苷酸第三组的官能倾向差别及其官能状抑制顺利进行了广泛的密切无关。

原始成处:

Meritxell Oliva et al. The impact of sex on gene expression across human tissues. Science (2020). DOI: 10.1126/science.aba3066

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